必須仔細選擇淨化工程的各種用材，確保他們不會對室內造成汙染。淨化工程內經常使用的材料和設備舉例如下：
1） 生產中使用的材料：在微電子T業中使用的矽晶片和工藝化學品，在藥品工業中使用的配料及容器；在食品和化妝品工業中使用的各種配料，添加劑，填充劑等。
2） 產品包裝材料：玻璃瓶，塑料瓶，塑料袋，預製的盒子等。
3） 工藝設備和機器
4） 對設備和機器進行維修，校準，修理的工具以及轉動設備的潤滑劑等。
5） 人員服裝，如潔淨工作服，手套，指套，口罩，頭罩等。
6） 淨化工程清潔用品:如抹布與拖把。
7） 消耗性用品：如書寫紙張，圓珠筆，標簽，棉簽等。
根據淨化工程公司生產的產品不同的情況與要求，對生產產品造成危害的主要汙染物不外乎以下幾種：固態，液態的粒子；微生物，化學品，靜電，分子汙染。
在大多數淨化工程中粒子和纖維都是環境汙染的主要來源。所以，應避免在生產工藝中使用容易破損或散發粒子的材料。其表麵帶有粒子和纖維的材料也應避免使用。醫療，食品，化妝品工業等生物淨化工程中，微生物則是主要的汙染物。在半導體工業中，產品表麵的化學品和空氣環境中的某些氣體分子可能形成的化合物，會沉積在半導體的表麵上，它們可能影響產品質量，甚至損壞半導體芯片。
在一些淨化工程中，那些無法將靜電不會傳導開的材料，可能會因為靜電荷的積累和放電使那些對靜電敏感產品會受到損壞，此外，靜電還會使材料產生靜電吸附效應而吸附物。