在將空調單元放置在潔淨車間之前，應清潔基礎表麵，在基礎上繪製中心線，並標出減震器的位置，最後吊裝空調機組並找平、找正。安裝空調機組前應注意保持機組本身和安裝現場的清潔，做到現場和機組無灰塵、無汙物，安裝後還需再次清潔。
1.空調機組安裝
在安裝空調機組之前，要做好潔淨車間施工的準備，並根據設計圖紙和安裝規定製定相應的施工計劃，並向施工人員進行技術說明，以相關建築物為參照，按施工圖確定安裝的基準線。表冷器冷凝水接盤排水管上須設水封裝置，防止外部汙物倒灌進入空調箱內；過濾器與空調箱框架之間縫隙應嚴密，同時也要便於拆卸。
2.淨化空調調試
在潔淨車間的空調設備聯動測試操作之前，必須分別測試風扇，水泵，冷卻塔，冷卻器和其他設備，試車前認真細致、檢查主回路、接地等線路，達到接線正確、供電可靠、控製靈敏，確保其各項性能指標符合相關標準，方可進行設備試運轉。
2.1空吹
在安裝無塵車間和清潔空調係統並達到清潔要求後，清潔空調係統必須連續運行12-24小時，而無需安裝高效過濾器，空吹開始後嚴禁無關人員進入潔淨區域，必須進入潔淨車間的人員要有相應的潔淨防護措施。
2.2二次清潔
空吹試運轉結束後需對潔淨車間的空調係統及潔淨車間再次進行清潔，這時候一般請專業的保潔公司進行清潔。
2.3高效過濾器安裝
二次清潔工作結束後，應立即安裝高效空氣過濾器。在安裝潔淨車間的高效過濾器之前，請檢查各種尺寸是否滿足設計要求，各項技術性能指標是否滿足與空調箱匹配，是否滿足係統要求等。仔細檢查潔淨車間的過濾器的框架、濾材、密封膠等有無損傷；框架有無毛刺和鏽斑（金屬框）；檢查產品合格證是否齊全；上述工作完成後方可進行高效過濾器的安裝，安裝過程中要注意保持清潔。
3.製冷管道安裝
在安裝製冷管道和配件之前，請確保管道的內壁和外壁幹燥，並保持內外管道不生鏽，管道支架的安裝應符合各潔淨車間的設備之間管道連接後的坡向坡度符合設計要求。管道係統安裝結束後需要對其進行吹掃，吹掃時要選用潔淨幹燥的氣體，用白布檢測出口氣體無汙物時為合格。
清洗淨化工程中的管道係統後，應對所有焊縫和閥門塗抹肥皂水以進行氣密性測試。穩壓24小時後壓降（溫度影響除外）在規範允許範圍內為合格。