隨著現代醫學的發展，淨化工程已成為各種外科學科建設和發展的重要前提和支柱，為了實現醫院潔淨手術部向信息化、智能化、集約化發展，為現代醫院基建工程管理提供借鑒，必須改變原有的手術室功能，保障醫院醫療、教學、科研工作的順利開展。
據研究，潔淨手術部設置在外科住院樓的2～4層為最佳，其理由是:
(1)便於淨化工程部門中各個單元的安裝，維護，保養和更新，並且應首先將其放置在地麵上，盡量不要采用懸掛式;
(2)現在，淨化工程部門不再是外科部門工作場所所獨有的，它已經麵向整個醫院的醫療部門。相當一部分的診斷檢查、介入治療等是在潔淨手術部完成。如果潔淨手術部設在低樓層，更方便外科係以外的臨床及醫技科室;
(3)淨化工程潔淨手術部建在低層，有利於麵臨意外及突發事件如地震、火災、基本設施嚴重故障的應急處置和人員的快速疏散;
(4)淨化工程手術部建在低層，可以縮短氣源、電纜、各種管道的距離，除便於維修外，可以顯著降低基建成本;
(5)按照國家建設部、國家衛生部對醫療單位特殊部位的基建要求如地麵承重，淨化工程手術間地麵每平米的承重標準是500公斤，ICU(危重症監護病房)地麵的承重標準是300公斤。這個標準已經不太適用於潔淨手術部，預計很快會進行修正。
(6)其理由是現在潔淨手術部的內置設備增加太多，淨化工程中，特別是心髒外科手術間、腔鏡手術間、骨科手術間、預防感染的正負壓切換手術間等必須提高原有的承重標準。如果建在高層建築頂端，不同程度地會增加設計與施工難度;
(7)按照規定，醫院的潔淨手術部應備有UPS電源。淨化工程中的這種電源的使用與管理，絕大多數由各醫療單位的設備處或後勤保障部負責，這些責任人基本不常駐手術室。潔淨手術部如果建在高層，一旦發生斷電意外，很難保證在最短時間內恢複供電。
ICU(危重症監護病房)應盡力縮短與淨化車間中手術部的距離，這一點國際國內已經達成共識。ICU的病人不完全是手術後的危重病人，還有相當一部分病人的診治處置需要在潔淨手術部完成。如果距離過遠，則不符合危重症病人的急救流程。