淨化工程是在一定空間範圍內，將空氣中的微粒子、有害空氣、細菌等汙染物排除，並將室內溫度、潔淨度、壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控製在某一需求範圍內的工程學科。淨化工程所特別設計的房間，不論外在空氣條件如何變化，室內均具有維持原先所設定要求之潔淨度、溫濕度及壓力等性能。GMP車間淨化工程淨化原理氣流→初效淨化→空調→中效淨化→風機送風→管道→高效淨化風口→吹入房間→帶走塵埃細菌等顆粒→回風百葉窗→初效淨化重複以上過程，即可達到淨化目的。
GMP車間淨化工程對於亂流式潔淨室減少室內汙染主要是通過空氣的稀釋作用來完成的，因此，一般不用速度而是用換氣數來說的。但是，對潔淨室潔淨工程中的氣流速度也是有要求，和單純空調房間相比，送風口的出口處氣流不要太大。吹過水平麵的氣流速度不宜太大，以免吹起表麵微粒重返氣流，而造成再汙染，這一速度一般不宜大幹0.2m/s。潔淨工程中淨化效果的如何，要看每步流程是否達標，隻有全方麵考慮到，才能達到預期的效果。